消毒系统是用来对抗由细菌或病毒引起的水传疾病。这些工序借由利用化学添加剂,或通过照射紫外光处理原水而中和病原体。这些处理系统通常不很贵,又可以把规模缩小以便适用于低处理量设施。
游离氯、氯胺和二氧化氯是常见的消毒剂。氯化是最流行(和最久的)化学添加剂等级。氯也是氧化剂,所以能够帮助移除铁、硫化氢和其他矿物质。
臭氧是无色气体,处理有机和无机污染物的方式与氯化非常相似,但消除细菌和其他病菌更有效。臭氧系统在世界许多地方并不常见,因为它们是基础设施密集的系统,实施起来会非常昂贵。
紫外光是电磁光谱中一种肉眼看不见的光,通常靠水银灯产生的射线能杀死水中的细菌和病毒。紫外光消毒较便宜,许多小规模水处理设施常用,但是处理含有大量悬浮粒子的地表水时,功效不如其他消毒剂。