农业依赖大量的肥料和杀虫剂以增加作物收成量。杀虫剂中毒在发展中国家是很重大的问题,大约有5到10%的农业工人显著暴露于有害的化学品。
可见于肥料和动物粪便中的硝酸盐是另一种与农业使用有关的主要污染物。这些污染物可在水资源中达到高浓度并引起许多人类健康问题。