L'agriculture dépend de plus en plus des engrais et pesticides qui améliorent la productivité. L'empoisonnement par les pesticides est un problème majeur dans les pays en développement, où 5 % à 10 % des travailleurs agricoles sont exposés à des produits chimiques nocifs.
Les nitrates qu'on trouve dans les engrais et les déchets animaux constituent une autre source de pollution d'origine agricole. Ces contaminants peuvent atteindre de fortes concentrations dans les eaux et causer diverses maladies.