La agricultura depende en gran medida de los fertilizantes y los pesticidas que refuerzan la producción de las cosechas. La intoxicación por pesticidas es un problema importante en las naciones en vías de desarrollo, donde quizá un cinco a un diez por ciento de los trabajadores agrícolas tienen una exposición significativa a químicos perjudiciales.
Los nitratos se encuentran en fertilizantes y en desechos fecales animales, y son otro contaminante principal vinculado con el uso agrícola. Estos contaminantes pueden alcanzar altas concentraciones en los recursos hídricos y causar una diversa gama de problemas de salud.