Cuando los acuíferos de aguas subterráneas y los sistemas de ríos se encuentran en la misma cuenca, éstos se pueden administrar como un solo recurso interconectado. Esta práctica se conoce como “uso conjunto”, y puede permitir el uso muy eficiente de los recursos superficiales y subterráneos.
Los planes de uso conjunto, en pocas palabras, pueden simplemente modificar los patrones de uso del agua. Los administradores comunitarios quizá decidan dejar intactos los recursos de agua subterránea en los años lluviosos o durante la época de monzones cuando el agua superficial es abundante. Una política así conservaría el agua subterránea para las épocas de sequía estacional o prolongada.
Durante las épocas más lluviosas los acuíferos permanecen intactos y pueden recargarse naturalmente por medio de la infiltración y otros procesos de ciclo del agua.
Otros sistemas de uso conjunto son mucho más complejos y pueden involucrar extensas inversiones en infraestructura. Muchos están diseñados para recolectar la precipitación pluvial, o para desviar y almacenar el agua de escorrentía superficial. En dichos sistemas el exceso de agua superficial se puede canalizar hasta lagunas, pantanos u otros cuerpos de agua naturales desde las cuales ésta puede infiltrarse hacia el subsuelo y recargar de manera natural los depósitos de agua subterránea debajo de los mismos.
En algunos casos, el exceso de agua superficial se puede conducir más agresivamente hacia el subsuelo mediante el uso de pozos que inyectan agua en vez de bombearla hacia afuera, y otras tecnologías diseñadas para reforzar rápidamente las reservas de agua subterránea. Estos procesos se conocen como recarga artificial. Los acuíferos de agua subterránea ofrecen varias ventajas en comparación con las opciones de almacenamiento superficial, entre ellas, la protección contra la evaporación, y la recarga artificial puede reabastecer incluso a los acuíferos confinados que se encuentren aislados del sistema de agua superficial. Sin embargo, las presas y los embalses pueden acomodar grandes volúmenes del exceso de agua en corto tiempo — algo que los acuíferos recargados artificialmente no pueden hacer.
El uso conjunto permite a los administradores la utilización de las ventajas de los recursos superficiales y subterráneos y reducir al mínimo sus desventajas. El resultado es un uso más eficiente del agua.