لدى منظمة الصحة العالمية ومختلف الهيئات الوطنية معايير لجودة نوعية مياه الشرب تحدد الخصائص الميكروبية، والإشعاعية لمياه الشرب الآمنة.
فالكميات المفرطة من الميكروبات أو الكيماويات الناجمة عن الإخراجات البشرية والحيوانية، والصرف الزراعي، والكيماويات الصناعية، بل والملوثات الطبيعية، تجعل بعض المياه غير صالحة للشرب وتسبب أمراضا ذات علاقة بالماء. وإذا لم تتوفر حماية لمصادر المياه، أو تعرضت للتلوث لأي سبب على نحو غير متوقع، فإن جودة نوعية المياه تتأثر.
والتلوث يمكن أن يحدث عند مصدر المياه سواء على السطح أو في الأرض. ومتى دخلت المياه نظام التوزيع، تكون هناك فرص لتلوث مياه الشرب. فإذا لم تتوفر حماية ناجحة للأنابيب من الملوثات، فإن جودة مياه الشرب تتأثر. كما يمكن أن يسفر التخزين غير الملائم عن مياه غير صالحة للشرب.